Pour l'Etat français, l'ensemble des niches fiscales représente un manque à gagner estimé à environ 60 milliards d'euros chaque année. Entre l'aide au logement et l'écologie, les niches fiscales concernant le ministère du développement durable sont estimées à environ 15 milliards d'euros, soit près du quart des niches fiscales françaises. Ces niches fiscales concernent essentiellement les crédits d'impôt relatifs aux énergies renouvelables ainsi que les prêts à taux zéro et la TVA à 5.5% pour les appareils destinés à faire des économies d'énergie. L'Etat français souhaite donc limiter ses dépenses en la matière et ainsi réaliser une économie de 8.5 à 10 milliards d'euros dans les deux ans à venir.
En cette période de sévères restrictions budgétaires, le gouvernement a donc demandé à M. Borloo de revoir les niches fiscales à la baisse et d'établir les priorités de ces restrictions. Le ministre s'est donc plié à cet exercice difficile et va proposer au gouvernement un plan d'1 milliard d'euros d'économies sur les niches fiscales vertes. M. Apparu s'est quant à lui attaqué au dossier sensible des aides au logement pour un montant qui devrait également avoisiner le milliard d'euros. Cela aboutirait donc à une économie de 2 milliards d'euros d'ici 2012 (le quart des économies annoncées).
Ces restrictions sont d'autant plus importantes que si rien n'était touché pour l'année prochaine, les pertes liées à ces niches fiscales augmenteraient d'environ 800 millions d'euros par an sur la période 2011-2013. En effet, ce sont les niches fiscales vertes qui ont rencontré le plus fort succès auprès des particuliers et des professionnels cette année. Le crédit d'impôt développement durable a notamment connu un très vif succès avec un coût pour l'Etat deux fois supérieur aux prévisions (2.8 milliards) ainsi que la déductibilité des intérêts d'emprunt pour les ménages achetant leur résidence principale (3 milliards d'euros d'ici 2013 si rien n'est entreprit d'ici là).
La décision sera prise fin juillet par l'Elysée de suivre ou non les avis des ministres concernant leur ministère. Cependant, les mesures de Jean Louis Borloo ont de quoi effrayé plus d'une entreprise. Il s'agirait en effet de diminuer de moitié le crédit d'impôt de 50% offert aux particuliers installant des panneaux photovoltaiques intégrés au bâti sur leur toit.
Pour justifier cette mesure, M. Borloo avance que les objectifs de 2020 en matière d'équipements photovoltaïques seront atteints d'ici la fin de l'année. Cela représente 800 millions d'euros par an de manque à gagner pour l'Etat concernant ce point unique du rapport Borloo alors que ces installations photovoltaïques ne profitent qu'à une tranche aisée de la population, de surcroit propriétaire de son bien immobilier. En plus de cet abaissement du crédit d'impôt à 25% concernant les panneaux solaires (économie de 400 millions), M. Borloo souhaité également réserver l'avantage fiscal concernant le crédit d'impôt de développement durable aux logements anciens et diminuer la plupart des crédits d'impôt concernant les appareils de chauffage écologique. Cela risque par exemple d'être le cas pour la pompe à chaleur avec un crédit d'impôt passant de 40 à 36%.
Les travaux d'isolation thermique de l'habitation pourraient aussi en pâtir puisque le ministre de l'écologie voudrait réduire la liste des travaux éligibles au crédit d'impôt (qui devrait lui aussi baisser d'environ 10%) ainsi que la liste des matériels bénéficiant d'une TVA à 5.5% et entrant dans le cadre d'une meilleur isolation thermique. Jean-Louis Borloo propose aussi de verdir certaines niches fiscales, poursuivant ainsi le travail amorcé lors du budget 2010. Il suggère, notamment, de réduire la liste des matériaux de rénovation donnant lieu à la TVA réduite de 5,5 %, en la réservant aux travaux « écologiques ». En clair, l'achat d'un carrelage ne serait plus éligible au taux réduit, alors que les chaudières vertes le resteraient. Seulement Bruxelles n'autorise pas de TVA réduite selon des critères environnementaux.